La universidad de Balamb, apodada Jardín, Zell, Quistis y Seifer continuaban con sus aprendizajes, más adelante se le une Squall para iniciar su formación oficial. Selphie ingresa de intercambio para tomar el examen final.
El Jardín tiene como funcionalidad, el entrenamiento para cumplir misiones generales y detener a brujas de ser necesario, todo esto gracias a la influencia de Esthar, pues al llegar Squall, que no solo viene a instruirse, sino a entregar un comunicado de su padre. El presidente de Esthar, sugiere que Abel está intentando intervenir señales de transmisión, y deben estar preparados para cualquier cosa.
Esta unión, hace que con el pasar de los años se forme una alineación llamada SEED blancos, un grupo comandado por Eloine, sucesora del presidente de Esthar.
Mientras para el examen final, Squall, Zell, Seifer y Selphie se topan con una misión en Dollet. Deben liberarla de la opresión de Gabaldia que intenta poner en funcionamiento la torre de transmisión. Al final lo logran, aunque Seifer no aprueba, no obstante, no niega volver a intentarlo. En la graduación, Squall conoce a Rinoa, una chica encantadora, todo fluye y es el inicio de su primera misión en Timber. Pues el presidente planear retrasmitir un mensaje, aunque eso lo descubren con la misión fallida de los búhos del bosque al secuestrar a un presidente falso. Al regresar a Timber para detener la transmisión, descubren que Seifer queriendo redimirse junto con Quistis interceptan al presidente. En lo que Zell interviene dejando entrever que los jardines tenían que ver con todo. A pesar de todo el presidente logra escapar gracias a unos oficiales, Seifer desaparece intentando perseguirlos, Quistis les retiene para que pudiesen reagruparse. La única vía de escape es dirigirse al Jardín más próximo, el de Gabaldia, en donde los recibe el director, amigo de Cid. Este les informa que dispondrán de Irvine, un gran francotirador. Por el poco uso de GF, pues solo lo usan en la universidad de Balamb, Irvine se da cuenta que ninguno se acuerda de él, por lo que, para evitar la confusión del momento, evita recordárselos.