El episodio de la caza de brujas es un evento histórico que ha sido difundido con una leyenda negra anticatólica en la cultura popular. Se llega a asociar la Inquisición como el principal responsable de las peores barbaries de la caza de brujas, cuando su participación en la misma habría sido menor. Historiadores, como Edward Peters y Henry Kamen, llegaron a conclusiones similares por sus propias investigaciones, concluyendo que los datos históricos sobre la Inquisición estaban distorsionados en los medios de masa, y que ello sería responsabilidad de la narrativa hegemónica de historiadores protestantes (como los remonstrantes, anabaptistas, cuáqueros, unitarios, menonitas, etc de disidentes contra Roma), en tanto que los debates a fines del siglo XVII, relacionados con la religión y la tolerancia, no sólo fueron monopolizados por los protestantes, si no que posteriormente también por los liberales de la Ilustración, con el propósito de desprestigiar a la Iglesia católica por medio de as polémicas sobre la tolerancia religiosa que libraron los ilustrados del parti philosophique "Cacouac" y los anti-ilustrados del parti dévot en Francia y en Europa.
Así, por ejemplo, Philipp van Limborch, el primer historiador famoso de la Inquisición (haciendo uso de ilustraciones de dudosa fiabilidad, pero que se fueron popularizando por la masiva traducción de su obra en medios ingleses , era remonstrante y Gilbert Brunet, historiador inglés de la Reforma, latitudinario. Hacia finales del siglo XVI, las guerras de religión estaban dando señales de que los intentos de conseguir Estados religiosamente uniformes generaban dificultades y difícilmente iban a triunfar, lo que propago las posturas regalistas como la de Jacques Marsollier (Galicano jansenista que consideraba derecho del rey y no del papa el control de la consciencia religiosa, criticando fuertemente a la inquisición por su intolerancia y un estorbo para lograr el Edicto de Nantes). Uno de los críticos más importantes de las persecuciones religiosas y de la Inquisición fueron Pierre Bayle, (hugonote francés que llegó a ser un gran representante y difusor las tradiciones irénicas, escépticas e individualistas del momento, muy citado por los ilustrados) o los hermanos Henri y Jacques Basnage de Beauval. En el siglo XVI, intelectuales católicos y protestantes estaban iniciando discusiones sobre la libertad de conciencia, pero el movimiento fue marginal hasta principios del Siglo de las Luces. Se afirmaba que los Estados que realizaban persecuciones religiosas no sólo eran poco cristianos, e incluso inhumanos , sino que además eran ilógicos, puesto que acusaban que los católicos actuaban, aparentemente, sobre la base de una conjetura y no a una certeza, siendo prueba del supuesto fanatismo Dogmático inherente del "papismo". Estos pensadores atacaban a cualquier tipo de persecución religiosa, pero la Inquisición se mostraba como el blanco ideal de sus críticas, viéndolo como el epitome de intolerancia y fanatismo, promotor de las peores cualidades de la persona en las sociedades humanas en las que seguía en funcionamiento, haciéndoles ignorantes, supersticiosos y rastreros. Aquellos prejuicios, deformadores de la realidad histórica, se evidenciaría posteriormente con las Revoluciones atlánticas y el surgimiento de los movimientos liberales junto a sus tintes anti-clericales, quienes contaminaron el estudio de historia de la Inquisición desde principios del siglo XIX con múltiples sesgos promovidos desde el poder político y la prensa burguesa. El coctel de humanismo renacentista e ilustrado, crítica protestante, condena liberal y discurso satírico volteriano generó una grave distorsión en la percepción europea de la Inquisición en el siglo XVIII y XIX, los cuales fueron expresados en su cúspide con los archivos difundidos en el mundo académico por un famoso falsificador, Étienne de La Mothe-Langon, publicados en 1829 en su obra: Historia de la Inquisición en Francia, los cuales fueron retomados por todos los historiadores franceses y europeos en el siglo XX, en particular Jules Michelet. Edward Peters[47] llega a explicar esta campaña de distorsión histórica como: "un cuerpo de leyendas y mitos que, entre los siglos XVI y XX, establece el carácter percibido de los tribunales inquisitoriales y que han influido sobre todo intento posterior de recuperar la realidad histórica".
Contrario a la creencia popular, la Iglesia no fue causante de las caza de brujas, ni fueron estas debido a las creencias cristianas, si no por la superstición popular (que se remonta a la Edad Antigua precristiana) y del que se pudieron desprender las prácticas de escarmiento público por la población local, muy mal vistas por el fuero religioso. Esto se puede evidenciar, por ejemplo: El papa Gregorio VII, en una carta dirigida al rey Harald III de Dinamarca en el año 1080 d.c, expresando su pesadumbre a la mal costumbre de la población danesa de acusar y culpar a ciertas mujeres de todo tipo de males incomprensibles, para luego matarlas de forma salvaje. Para solucionar este problema, el papa solicitó al rey que informe al pueblo danés que estas desgracias son voluntad de Dios, y deben resolverse con una penitencia y no con un castigo. Décadas más tarde, en el reino de Hungría, donde por edicto se pretendió erradicar la creencia en las brujas entre la población húngara, mediante el siguiente decreto: “De strigis vero quae non sunt, ne ulla questio fíat”, dictado por el rey Colomán por el año 1100 aproximadamente. Así se evidencia que la sociedad europea todavía andaba en proceso de superación de las falsas creencias rezagadas del paganismo (mayoritariamente en la Europa del Norte y germánica, recién evangelizada, en contraste al mundo latino de la Europa del sur).
Desgraciadamente, la acción prudente de la Iglesia sufrió un cambio de estrategia a principios del siglo XV. En esta época se empezó a registrar una extraña secta de apostatas que se reunían de noche para adorar al diablo. Aquello llamó la atención de la Inquisición, debido a que teólogos y juristas de la época los asociaban con los "Cátaros" y "Valdenses", herejía que se creía que había sido reprimida y que atormentaba su posible resurgimiento de maneras más siniestras. Los detalles de la "nueva secta de brujas" se difundieron por medio de la obra "Ut magorum et maleficiorum errores", (un texto que fomentó la percepción de las conexiones de las brujas con los demonios), escrito en 1437 por Claude Tholosa, un juez secular de Brianconnais que no era parte del clero católico ni de la inquisición.