Historiografía moderna

Durante la ocupación francesa de las tropas napoleónicas, se encargó a Juan Antonio Llorente, un ilustrado afrancesado que había sido durante algún tiempo Comisario y Secretario de la Inquisición de Corte, la conservación de los archivos de la institución. Llorente fue el primero que realizó una historia de la Inquisición basada en documentos originales, aunque más tarde los destruiría, escribiendo un libro que tendría una influencia enorme en la percepción de la institución y que en su momento fue la obra estándar sobre el tema. Sin embargo, la obra contiene muchos errores, de los que el más sonado es la cantidad de víctimas de la Inquisición que da: 32.000 quemados en la hoguera.​ La obra de Llorente fue empleada por otros historiadores, como el estadounidense Prescott, que en su estudio inacabado sobre Felipe II (1855) hace responsable al Inquisidor General Valdés de la falta de genio intelectual en España.

Hubo que esperar hasta el siglo XIX para que se realizara un estudio en profundidad de la vertiente antisemita de la Inquisición. Parece ser que este movimiento comenzó en los años 30 del siglo XIX con la emancipación de judíos y católicos en Gran Bretaña. Historiadores y novelistas empezaron a usar la España del siglo XV como paradigma de la nación de raza y religión única. De la época son, por ejemplo, la History of the Reign of Ferdinand and Isabella, the Catholic (Historia del reinado de Fernando e Isabel; 1837) de William H. Prescott y Conquest of Granada[40]​ (La conquista de Granada) de Washington Irving. Con el crecimiento de este movimiento diversos autores, como el español Amador de los Ríos o el judío alemán Yitzhak Baer, comenzaron a explorar el papel de víctimas de los judíos, olvidados hasta ese momento, eclipsados por los protestantes. Este tipo de estudios, radicados en la consciencia judía de ser los descendientes de las víctimas y más tarde en las experiencias del siglo XX, destacan la tragedia de los judaizantes y la expulsión de 1492, y consideran a la Inquisición como su pesadilla particular.

El primer historiador que intentó crear una historia objetiva de la Inquisición fue Henry Charles Lea, un historiador estadounidense que en 1870 comienza a recoger material para sus obras. Lea, a pesar de no tener un punto de vista objetivo, ubica firmemente la Inquisición dentro del hecho histórico y fuera de la fantasía. Lea es de los primeros escritores protestantes en reconocer que la creencia de que las torturas usadas por la Inquisición de España fueron excepcionalmente crueles, se debe a los escritores sensacionales [sic] que han abusado de la credulidad de sus lectores . El sistema era malo, pero la Inquisición española no fue responsable de su introducción y, en general, fue menos cruel que los tribunales seculares al aplicarlo, limitándose estrictamente a unos cuantos métodos conocidos. La comparación entre las inquisiciones española y romana resulta favorable a la primera. Su obra sigue siendo en el siglo XXI uno de los grandes clásicos del tema.

En 1914 se publicó La Leyenda Negra de Julián Juderías. Sería la primera vez que se emplea el concepto de leyenda negra para referirse al conjunto de la propaganda antiespañola que se extendió por Europa desde el siglo XVI por lo menos. En su libro, Juderías hace una defensa apasionada de la cultura y la obra de España frente a lo que percibe como los ataques, tanto desde el resto de Europa, como desde España misma. Para Juderías la Inquisición no representa nada extraordinario dentro de la época, aunque intenta dejar claro en varias ocasiones que no defiende a la Inquisición y la considera un tribunal cruel y despiadado, eso sí, ni más ni menos cruel que otros comparables de Alemania, Inglaterra, Francia o Suiza. También ataca a Llorente, al que trata de traidorzuelo y del que dice que manipuló los datos que obtuvo y quemó los documentos que no le interesaban, afirmando que todavía no existe una historia de la Inquisición, puesto que sólo conocemos ataques furibundos y apologías no menos entusiastas (ignorando la obra de Lea, que le era conocida). A pesar de reconocer que la influencia de la Inquisición está por evaluar, Juderías afirma que la Inquisición no practicó los abusos de la que se le acusa y que fue un instrumento en mano de los Reyes para mantener en la Península una cohesión espiritual que faltó por completo en los demás países, [que] impidió que España fuese teatro de guerras de religión que hubieran causado un número de víctimas infinitamente superior al que atribuya a la represión inquisitorial más exagerada de sus detractores. El autor tampoco cree que la Inquisición tuviese un papel importante en el desenvolvimiento intelectual español, puesto que coincide con el Siglo de Oro de la cultura española, ni que representara una barrera intelectual con el resto de Europa, dado que la traducción de obras españolas se realizó incluso en Suecia y Rusia, mencionando además a muchos intelectuales españoles que estudiaron o enseñaron en universidades del resto de Europa.

A partir de Juderías, muchos otros han empleado el concepto. Habitualmente aparece como un apartado en las obras que tratan sobre la leyenda negra española y las que tratan sobre la historia de la Inquisición.

Un clásico moderno sobre la Inquisición lo constituye The Spanish Inquisition. A historical revision. (La Inquisición española. Una revisión histórica) de Henry Kamen. El libro, publicado en 1965 por primera vez, es un amplio estudio de las diferentes inquisiciones y su historia. Kamen dedica un capítulo específico a la leyenda negra, el llamado Inventing the Inquisition (Inventando la Inquisición), aunque el asunto también es tratado en el resto del libro. Así, por ejemplo, en el capítulo dedicado al impacto en la literatura y la ciencia, comenta que es implausible y falso sugerir que a España (y a Portugal) se le negara el contacto con el mundo exterior. La imagen de una nación hundida en la inercia y la superstición por culpa de la Inquisición era parte de la mitología creada alrededor del tribunal. Kamen no niega que España permaneciese ajena a las corrientes intelectuales europeas a inicios de la Época Moderna, pero no a causa de la Inquisición, ni por falta de libertad interior en el país.