Mientras Manuel María Gómez, triunfaba en Morichal y preparaba su división para salir a la conquista de la Provincia de El Bosque, Santiago mantenía el cerco, infructuoso, sobre Salinas.
La preocupación de Santiago no era nada la situación militar, ni siquiera la amenaza que podrían significar José Millán o Francisco Alonso, menos aún Lorenzo Ceballos, lejos en Nueva Andalucía. Su preocupación era recuperar el liderazgo perdido sobre los orientales.
El Puesto de Comando que armó fuera de Salinas, se convirtió más en una casa de partido que en un campamento militar. Las reuniones que se realizaban eran sobre la situación política de la antigua Capitanía General de Córdoba y las decisiones a tomar al respecto. Casi no se tocaba el tema de las operaciones militares a ejecutar. Eran más los políticos que entraban a reunirse con Santiago que los jefes militares.
Esta situación exasperada a Francisco Pueblo que era un hombre de acción y decía las cosas de frente. Francisco no queria de jefe a José Antonio, pero consideraba que Santiago y Manuel María le brindaban una imagen de aceptación a este, para luego, a sus espaldas, conspirar contra su mando. Mientras que él de frente le manifestaba su inconformidad, basada en su falta de victorias militares.
Francisco no estaba de acuerdo con estas conspiraciones políticas. Le pidió a Santiago, en innumerables ocasiones, que organizaran un asalto a la ciudad para tomar la capital provincial y, posteriormente, preparar la defensa de Oriente, a la espera del regreso del Capitán General Lorenzo Ceballos. Además, ya ellos estaban enterados que Manuel María se dirigía al sur, a la provincia de El Bosque, con el fin de tomar ese territorio; por lo que era necesario, que ellos aseguraran la independencia de esta provincia, para poder comenzar a organizar la República bajo su liderazgo.
No fue escuchado. Santiago, en pleno sitio, reunido con los políticos liberales y federalistas en su mayoría, decide que lo mejor es convocar una Asamblea Constituyente que, en primer lugar, decida la dirección política del país. De igual manera, esa asamblea definiría la constitución del poder ejecutivo, legislativo y judicial, así como también comenzaría a redactar una constitución federal y, por último, establecería definitivamente el mando de todas las fuerzas militares patriotas.
Se escogió a Puerto Azul como sede de la asamblea. La organización de la misma estuvo a cargo del Dr Diego Sturdy, del presbítero Joaquín Cartavio y del propio Santiago, ellos se encargaron de invitar un representante por cada provincia, estuviese está en manos monárquicas o no, y convocaron la primera reunión para dentro de un mes.
El sitio fue levantado parcialmente, pese a la oposición de varios oficiales liderados por Francisco Pueblo, quienes veían necesario que primero se resolviera la liberación de la capital de la provincia, para luego tomar las decisiones políticas. Pero Santiago no era ningún tonto, el estaba consciente que pronto regresaría José Antonio y conocía su capacidad para conseguir apoyos políticos y militares, también era consciente que el cerco de Salinas iba a tomar tiempo y ante estas dos situaciones, él juzgaba conveniente está maniobra política, que estaba orientada a erigirse el mismo como Comandante militar, pero además a imponer la tesis, compartida con los orientales, que el gobierno de la naciente República debía de ser de corte federal en lo político y liberar en lo económico.
La ruptura entre Santiago y Francisco, iniciada desde la preparación de la expedición en Baneque, estaba muy cerca. Francisco quiso quedarse comandando el cerco en Salinas, el cómo hombre franco y de acción, nunca estuvo de acuerdo con la convocatoria a una Asamblea Constituyente, insistía en que primero debían venir las victorias por las armas y luego las políticas, sustentadas por estas. Mientras Francisco se quedaba comandando el cerco sobre Salinas, Santiago se marchó con la mayor parte de la tropa a Puerto Azul a preparar todo lo relativo a la Asamblea.
Para resolver el problema de tener suficientes delegado, se convocaron a los patriotas exiliados que estaban en las islas cercanas. La mayoría eran juristas participantes en la redacción del acta de independencia de la Provincia de Oriente, fueron ellos quienes le dieron a Santiago el título de Libertador de la provincia. Casi todos eran partidarios de un gobierno federal y no muy amigos José Antonio
Se presentaron Joaquín Cartavio, presidente de la asamblea y representante del Bosque, Manuel Isaba, representante de Los Esteros, Francisco Mayz por la provincia del Golfo, Pedro Alcalá por La Sierra, Miguel Navas por las Pampas, Luis Cáceres por Isla Grande y por Oriente Diego Sturdy, representante de Bahía, Santiago Carrige por Salinas y Bernardo Godoy por Las Cuevas.
Pese a que las deliberaciones debieron iniciarse el 15 de Noviembre, se retardó la instalación de la asamblea por 15 días motivado a que muchos representantes no se habían presentado, todo indicaba que la convocatoria a la Asamblea no tenía respaldo, por lo que Santiago empezó a afirmar que esta estaba avalada por José Antonio Palacios. En términos generales no había mucha expectativa por el resultado de la Asamblea; es por esto que Manuel María, quien se enteró de la instalación de la misma cuando se disponía a cruzar Río Ancho, minimizó su impacto e importancia. Reunió a sus oficiales y les hizo saber que no estaba de acuerdo con la asamblea y que no se acatarian sus instrucciones. Esto fue apoyado por los esterianos que sabían que la asamblea era un intento de Santiago, por quitar del mando a José Antonio Palacios.
Finalmente se completó el quórum, aunque las provincias eran representadas por politicos orientale y no por políticos de esas provincias, esto demuestra la poca convocatoria de Santiago fuera de Oriente. Por casi treinta días deliberaron. Las sesiones iniciaban a las 9 de la mañana y culminaban a las 6 de la tarde, para aprovechar la luz del día. Los representantes comían y dormían muy cerca de la casa que fungia como sede de las sesiones, casa que por cierto era la más grande vistosa y lujosas del pueblo y pertenecía a Santiago Carrige