A partir del siglo XIII, la Iglesia permitió el uso de la tortura con el objetivo de conseguir la confesión y el arrepentimiento de los acusados.
A diferencia de los tribunales civiles, en el de la Inquisición el inculpado que confesaba y se arrepentía tras la tortura era perdonado de la muerte, algo que no era permisible en la justicia civil.
· La pena de muerte en hoguera: Era aplicado al hereje obstinado en su propia opinión, es decir, al no arrepentido.
· La purgación canónica: Se aplicaba contra los acusados a la inquisición de herejía por la fama pública, pero no se les había probado el hacer o decir algo contra la fe.
El resto de los delitos se pagaban con:
· Excomunión.
· Confiscación de bienes.
· Multas.
· Cárcel.
· Oraciones y limosnas penitenciales.
Las sentencias eran leídas y ejecutadas en público en los conocidos autos de fe, instrumento inquisitorial para el control religioso de la población.