La brujería fue un fenómeno más destacado entre la población bautizada de los territorios americanos, por el apego a sus ritos y tradiciones seculares. El encuentro con el Nuevo Mundo produjo muchos problemas en estos aspectos.
El principal contratiempo que los sacerdotes encontraron en los pueblos indios fue lo que llamaron idolatría pues muchos de sus cultos involucraban ritos místicos para rendirles tributo a sus dioses. Para tener argumentos en contra de esos pueblos en el caso de lo civil también se les imputó el pecado de la borrachera, sodomía y bigamia.
Asentada la idea de la idolatría, cuando estos lo único que hacían era rendir culto a sus dioses según lo dictaba su religión, y el uso recurrente de la magia, se procedió a tomarlos como gentiles y se presentó la necesidad de lograr su conversión a la fe católica por la fuerza o por el medio que hiciera falta.
Esta realidad enfrento dos mentalidades religiosas muy diferentes entre sí. Los acontecimientos radicaron en que los inquisidores ya no solo tendrían que disputarse las desviaciones heréticas o las apostasías, sino que ahora también tendría que luchar para que estas practicas del viejo mundo no proliferaran en este nuevo y convertir a la fe “verdadera” por el medio que fuere a los pueblos indígenas.