Después de la derrota de Del Castillo, la toma de Santo Tomás fue relativamente fácil. Los 500 hombres monárquicos que quedaron al frente de la guarnición ofrecieron resistencia al inicio de la refriega, pero esta se fue diluyendo poco a poco hasta que finalmente todos se rindieron. Francisco se comportó contrario a lo que se esperaba de él, fue magnánimo con él caído y sobretodo fue espléndido con una población que tenía tiempo padeciendo los estragos del hambre y la desesperanza. Ofreció atención a todos, les aseguró que ya para ellos la guerra, la enfermedad y la muerte habían cesado. Les ofreció la oportunidad de regresar a las familias que habían huido de la ciudad y muchos regresaron. Francisco se dedicó a reorganizar a la población y a restaurar a la ciudad.
Por su parte, Cayetano culminó la toma del fortin El Zamuro y recibió a José Antonio Palacios quien llegó para esperar la flota del Almirante Felipe Destrox. Este entró por la desembocadura del río Ancho hacia el mar, y trajo consigo 5 embarcaciones qué estaban llenas familias de exiliados de toda Córdoba, pero especialmente de Los Esteros, a los que el propio José Antonio mandó a buscar a Baneque, a Granate y a las islas de Sotavento entre otras. Desde hacia meses Felipe estaba cumpliendo en esas instrucciones de buscar estas familias, solo faltaba definir el sitio donde desembarcarían que en un principio sería Bahía, pero, desde que José Antonio observó la organización de la tropa que se encontraba en El Bosque, supo que ese sería el sitio, que ahí se erigiría la piedra fundacional de la nueva República y así se lo hizo saber a Felipe.
Con Felipe llegó también Concha Martínez. Después del fracaso de José Antonio en el desembarco en la provincia de Los Esteros, cuando este se refugió en las Islas de Sotavehte, ella se había quedado ahi, esperando el momento oportuno para reencontrarse con su amor. El momento había llegado, la vasta extensión territorial de El Bosque, su ubicación alejada de la capital de la antigua Capitanía General y la presencia del Río Ancho, que era la frontera natural con el resto de las provincias y constituia un obstáculo practicamente insalvable, aseguraban que por fin las fuerzas republicanas podían constituir un gobierno y comenzar con fuerza la liberación del resto del territorio. Por primera vez un territorio ocupado por los independentista estaba totalmente en paz.
José Antonio esperó a Felipe y a Concha en El Zamuro, ahí se embarcó y pasaron dos días navegando, río arriba, hasta que llegaron a Santo Tomas. No fue una travesía de amor desenfrenado como la que vivieron desde Granate hasta las costas de Córdoba. Concha estaba padeciendo de los que se conoce como fiebres tropicales, ya tenía un día con esa condición y lo único que pudo hacer José Antonio, durante los dos dias de navegación, era velar por ella al lado de su cama.
Santo Tomás del Bosque esperó a Palacios engalanada. Entre Valentin Jerez y Cayetano, quien se regresó desde el Zamuro, con la mayoría de su tropa, a caballo mientras Palacios se embarcaba, prepararon un bienvenida apoteósica. Las casas estaban cubiertas con los colores de la bandera independentista, el azul y rojo estaba por doquier, guirnaldas de flores adornaban las calles. Desde el muelle el pueblo formó un pasillo hasta la catedral, los hombres y mujeres mayores desde las aceras y puertas de las casas y las mujeres más jóvenes y niños desde los balcones, todos aplaudiendo, dándole vivas al héroe, lanzándole flores y jurándole lealtad a él. En la catedral estaba preparado un Tedeum. La iglesia también se vistió de fiesta con los colores patrios y se rindió ante el héroe. A José Antonio lo esperó una carroza blanca tirada por quince hermosas jóvenes vestidas de blanco, que llevaban en su cabeza coronas de flores. Ellas lo llevaron desde el muelle a la catedral a través de un camino empedrado, en un trayecto en línea recta no mayor a cuatro cuadras. Palacios, por su parte, se vistió con su mejor traje, un uniforme traído de Francia, confeccionado en colores rojo y azul, casaca cruzada, con laureles y botones dorados, en las charreteras se mando a colocar 3 soles, por sombrero utilizó un Bicorne adornado con plumas con una cucarda azul y rojo, llevaba ademas un cinturon dorado y un sable que le regalo el Rey de Baneque.
Durante la misa el obispo, quien llegó con Felipe, elogió de mil maneras a Palacios y al final le ciñó a este una corona de laureles, cual César Romano, ante el aplauso y los vitores de todos los presentes. Palacios se dirigió a todos, les prometió una República donde el pueblo decidiera su destino, donde nadie sufriese la tiranía de reyes ni de reyezuelos, una tierra de libertad y justicia y que él sería el primero en apartarse del mando por el bien de la Patria. Allí mismo anunció la convocatoria de un congreso plenipotenciario.
Luego de la misa se realizó un baile en honor al agasajado, en donde Palacios hizo gala de sus dotes de bailarín y quedó prendado de una de las jóvenes que había tirado de su carruaje, ella acaparó casi todos sus bailes y a ella se la llevó a sus aposentos una vez terminó la fiesta. Mientras Concha deliraba por la fiebre en una casa que había sido acomodada como hospital, José Antonio disfrutaba de las mieles del acto carnal con una hermosisima esteriana, casada, pero cuyo esposo decidió culminar unos negocios, antes de partir a Córdoba por nuevas oportunidades comerciales ante el nuevo gobierno Republicano. Esta mujer hizo que Palacios olvidara la existencia de Concha, lo colmó de placer. Tenia un poder de seducción enorme e inspiraba un morbo qué atrapa y te envuelve y te hace perder la noción de tu ser.
Con solo una semana juntos esta mujer le escribió a su esposo diciendole: "He conseguido un hombre completo, que me llena toda porque es capaz de poner sumisa a cualquier mujer, no quiero desprenderme de él, por lo que no quiero verte más, mi destino me une a este Dios en la tierra y esto espero que lo comprendas, porque no eres capaz de ser competencia para él". Jon Turnbul, el destinatario de esta misiva, era comerciante de Hannover, vivió unos años en El Valle, donde conoció a la familia de la quinceañera Bárbara Orzúa, quien cierta noche se metió en sus aposentos, provocando al muy recatado Turnbul y ante el escándalo de este, sorprendido por la audaz muchacha, fueron encontrados en esta situacion por el resto de la familia, quienes le exigieron al huésped, reparación del daño, por lo que tuvo que casarse con la aun doncella para que la familia no fuese deshonrada. La familia y los conocedores de este hecho siempre sospecharon que fue un ardid de ella para irse de la casa, ya que Jon les había anunciado que pronto partiría a su tierra.