Después de las honras fúnebres a Concha, José Antonio inició un frenesí de trabajo, parecía querer olvidar o dejar de oensar en el amor perdido. Se ocupó de la organización del Estado, de la preparación de los planes de campaña para la toma de la Provincia de Los Esteros y de Oriente, preparó comunicaciones y despachó emisarios en busca de reconocimiento internacional a la nueva República; además de esto, dirigió la convocatoria al Congreso que se estaba formando ubicando a los líderes de cada provincia, también supervisó el reclutamiento y entrenamiento de las tropas y dirigió la distribución de los recursos obtenidos de los Campamentos de El Dorado, incluyendo la incipiente industria de pólvora y talabartería que allí se estaba formando.
Por su parte, Manuel Maria Gómez tenía 10 días en Santo Tomás y aún no había sido recibido por José Antonio. El día que llegó le ofrecieron una casa, frente a la plaza, donde podía descansar. Esa casa, ya al día siguiente se convirtió en su prisión, José Antonio ordenó apostar guardias en las dos salidas de la casa y estos le hicieron saber a Gómez que podía moverse por toda la casa, pero no podía salir de esta. El cuarto qué ocupaba tenía una hamaca y un catre para acostarse, una mesa con una pluma y papel para escribir y otra mesa con un tablero de ajedrez. El caudillo diariamente le escribía a su esposa. Sus cartas estaban llenas de amor y de deseo de verla nuevamente, Manuel no le comentó en ningún momento que estaba prisionero, solo le dijo que estaba esperando el momento oportuno para aclarar las cosas con José Antonio Palacios.
Mientras pasaban los días, Manuel se dio cuenta que estaba en una situación muy desfavorable. Los amigos que habia formado en la campaña, al fragor de la victoria, parecía que lo habían abandonado. Ni Cayetano Hernández, ni Cruz, ni Ucron lo habían visitado en su confinamiento. De hecho solo dos personas iban a verlo, uno era el obispo que hablaba mucho con él y que era la persona que se encargaba de enviar o recibir su correspondencia. La otra persona que lo visitaba era el Teniente Coronel Gallardo, quien era abogado, esteriano y amigo de Palacios, pero que diariamente, en las tardes, pasaba por casa/cárcel de Gómez y jugaban por horas ajedrez.
En su confinamiento Gómez estaba aislado de la gente que realmente lo apoyaba. Estos se encontraban en la periferia de la ciudad, mientras que él General se encontraba en el casco central. Cuando ingresaron a la ciudad, Manrique se cuidó mucho de no pasar por las barracas de los sargentos o soldados leales a Manuel María, así que realmente solo la alta oficialidad y la tropa de Manrique sabían donde se encontraba el caudillo; de hecho, para mantener el secreto, Manrique despachó a su tropa al Fortin del Zamuro. Todas estas previsiones fueron ordenadas por José Antonio para evitar una insurrección, mientras el decidía que hacer con el General en Jefe Manuel María Gómez.
Dos asuntos acaparaban la atención de Palacios en este instante, la organización de gobierno y que hacer con la situación de Gómez. Para lo primero, resolvió la creación de un Consejo de Gobierno, la organización de un parlamento y un sistema de justicia. Estas resoluciones prácticamente fueron copias de lo que resolvió la Asamblea Constituyente que instaló Santiago Carrige en Puerto Azul. Pero ahí no quedaban las coincidencias, José Antonio, que había hecho un llamado a todos los patriotas a dirigirse a SantoTomas del Bosque, hizo un especial llamado al Dr Diego Sturdy, al Dr Juan Diaz, a Manuel Isaba, Francisco Mayz, Pedro Alcalá, Miguel Navas, Bernardo Godoy y al Presbítero Joaquín Cartavio, todos ellos actores principales de aquella fallida Asamblea y ahora integrados al Consejo de Gobierno, con la excepción de Joaquín Cartavio que continuaba con Santiago Carrige.
El parlamento, al igual que en la constituyente, estaría integrado por dos cámaras, con representantes de cada provincia. Este parlamento, en sesión plena, escogería al Presidente de la República y este asumiría como Jefe de Estado y Jefe del Consejo de Gobierno. El sistema de justicia iba a ser dirigido por una Corte Suprema, tribunales provinciales y locales. Cada poder era autónomo. La diferencia con la Asamblea de Carrige estaba en que se establecería un Tribunal de Ética, que se encargaría de velar por la probidad de los funcionarios que asumirían los cargos públicos y porque estos, cuando estaban en funciones, no cometieran actos de corrupción o cualquier ilícito.
Con respecto a Gómez, finalmente se decidió llevarlo a juicio. A tal efecto se nombró a un Consejo de Guerra integrado por el Almirante Felipe Destrox como Presidente del Consejo de Guerra y Juez de la causa, General de División Valentin Jerez como fiscal, como jurado se escogió a los Generales de Brigada Cayetano Hernández, José Cruz y Gabriel Ucros, al Coronel Piñango y al Teniente Coronel Sánchez, todos ellos ascendidos a sus nuevos grados por Manuel María Gómez, después de la Batalla del Cerro de la Gallina, pero también todos cercanos al General José Antonio Palacios. Como defensor se designó al Tcnel Gallardo, este último con el visto bueno de Manuel María Gómez, pese a que este nunca fue cercano al caudillo ahora detenido y si actuó en algunos momentos como edecan o ayudante de Palacios. Quizás la escogencia se debió a las tardes de ajedrez qué juntos pasaban y el acercamiento de Gallardo se debió a que, como abogado, trató de entender la naturaleza de los crímenes atribuidos a Gómez.
El juicio se fijo para cinco días después de la designación de las autoridades que lo iban a presidir. Se le concedió libertad al abogado defensor y al fiscal para que investigaran y buscarán testimonios con que sustentar sus casos. Ya la oficialidad y la tropa conocía la condición de detenido en la que se encontraba su antiguo jefe y había cierra expectativa sobre como se desarrollaría el juicio y que sucedería después de la sentencia, sobre todo si era en contra del reo.