Santiago estaba al tanto del torbellino político que había en Santo Tomas a causa del juicio a Manuel María. Él interpretó siempre y muy correctamente, que lo que allí sucediera, sería una advertencia para él; pero, también creía que, dentro de toda la situación que se planteaba, Manuel María Gómez saldrñññía bien librado, ya que todos los que intervenían en el proceso habían sido sus subordinados en la campaña de El Bosque, todos los respetaban como un Comandante triunfador y todos les debían sus respectivos ascensos. Felipe Destrox era el único de los miembros del Consejo que no combatió a sus órdenes, pero era su paisano y compadre, con una amistad desde que ambos eran niños en Sotavento. Pero más allá de eso, para los soldados y para el pueblo llano de la provincia, el General en Jefe Manuel María Gómez era un héroe.
Por su parte Francisco Pueblo, nombrado Comandante de la Guarnición de Santo Tomás del Bosque, tampoco estaba de acuerdo con el trato dado a Gómez, esto pese a ser acérrimo enemigo de este. Francisco como hombre franco que era, no era buen político y estaba en contra de cualquier estratagema para sacar del juego a Gómez. Para él, el hombre que demostraba valor en combate y era disciplinado merecía la gloria. El consideraba a Gomez como un hombre de valor y arrojo en el combate, pero indisciplinado e insubordinado, sus problemas con él eran por esa indisciplina, pero sobretodo por esa carácter insubordinado que lo hacia un subalterno difícil. Por lo tanto, para Francisco, la actuación por la que se le acusaba a Gomez no justificaba las acciones qué se le hacían, él era partidario de que efectivamente se le enjuiciara pero como hombre libre y que se le diera libertad para defenderse de las acusaciones.
Gómez se sentía tranquilo, las tardes de ajedrez con Gallardo, el saber que este creía en su inocencia, a pesar de ser un incondicional de José Antonio, lo animaban; ya que él, en el fondo, creía que todo era una pantomima de Palacios para demostrar, ante todos, que él era el que mandaba. Esas demostraciones de José Antonio eran frecuentes y a nadie le sorprendía. Gómez pensaba que un días antes del juicio lo llamaría a su oficina, ahí conversarían los dos y todo quedaría saldado. Lo único que por el momento le inquietaba era qué los Generales que él consideraba amigos como Hernández o Torres e incluso su compadre Felipe, aun no se habían acercado a su casa/cárcel a hablar con él o al menos a preguntarle como estaba. Llegó a decirse para sus adentros que esto era parte del juego de José Antonio Palacios
El día del juicio Santo Tomás del Bosque se paralizó. Este se inició a las 0900 horas. A pesar que el jefe del poder judicial había estipulado que todos los juicios en la naciente República serían de carácter público, José Antonio giró instrucciones para que no hubiese público en el que se le iba a realizar al General en Jefe Manuel María Gómez; en la sala solo estaba el Presidente del Consejo de Guerra, el fiscal, el defensor, los vocales, el secretario, dos custodios y el acusado.
El fiscal Valentin Jérez inició la audiencia con una ponencia que se basó en el manifiesto incriminatorio que emitió José Antonio Palacios. El fiscal pidió el mayor castigo posible para acusado, tomamdo en cuenta que el destino del país estaba en juego si el General Gómez quedaba en libertad. El fiscal puso el énfasis en dos puntos: primero en que el acusado era el abanderado de una guerra civil basada en el color de la piel. Insinuó el fiscal, que Gómez seguía un patrón establecido por el temible José Millán, quien había asolado al país, levantando a los hombres de color en contra de los blancos y que esto había ocasionado grandes masacres a lo largo y ancho de la República. Claramente Jérez, conocedor que los vocales habían sido testigos de las masacres de Millan, quería vincular a Gómez con este ser que tantos estragos causó en Córdoba.
El segundo punto en el que hizo énfasis Valentin fue en el hecho que el General Gomez, una vez tomados los Campamentos de El Dorado, sin autorización previa, tuvo comunicación y estableció acuerdos, en perjuicio de la República, con el Imperio Británico, específicamente con el Gobernador de Demarara. El fiscal recordó al tribunal que el acusado era extranjero y que en su juventud combatió en las Islas de Sotavento, al lado de los británicos en su disputa con el reino de Holanda; por lo que él se cuestionaba si la lealtad de Gómez estaba con Córdoba o con los Británicos. En todo caso, concluia el fiscal: "la vida de mentiras, de conspiraciones, de intrigas, del General Manuel María Gómez, nos señala que no es una persona de confianza, que para él privan sus intereses personales por sobre la República y es capaz de dar al traste con esta, si sus objetivos no los ve cumplidos".
Los cargos de insubordinación y deserción fueron someramente tocados, pero se estableció que a él se le dió permiso, sin embargo, luego se le llamó para que se presentase ante el Comandante en Jefe y este no se presentó. De igual forma, no cumplió sus funciones en el Dorado, abandonando sus deberes mucho antes de su solicitud de licencia, por lo que de esa manera se establecieron las bases para su acusación como desertor e insubordinado.
La defensa fue apasionada, Gallardo habló de las virtudes del acusado, de las grandes proezas en sus campañas militares, de como era reconocido y querido por la tropa que dirigía y que todo eso se lograba por su gran valor como patriota, incapaz de traicionar a una tierra a la que demostraba amar hasta el punto de sacrificar su vida. Le defensa de Gallardo se basó en exaltar las virtudes del acusado, contrastando estas con las acusaciones que se le hacían a este, pero falló en el rigor técnico para ir desmontando una a una las acusaciones que se le hacían. Su preocupación mayor, por instrucciones del propio Gómez, era demostrar que este no era un traidor, que este era incapaz de coludirse con agentes extranjeros en perjuicio de la República. Gallardo trató de rescatar el prestigio y el honor de Gómez, ya que para este, el prestigio y el honor eran unos valores muy importantes, más importantes que la vida.